Minyak bumi di daerah lepas pantai bagian Selatan Jawa Tengah telah dieksplorasi oleh Djawa Shell sejak tahun 1971-1974. Dua sumur telah dibor di lepas pantai bagian selatan Jogjakarta, yaitu Alveolina-1 dan Borelis-1, dengan target utama batugamping terumbu Wonosari yang berumur Miosen. Sumur Alveolina-1 terdiri dari litologi batulempung laut dalam berumur Pliosen, yang menutupi batugamping laut dangkal setebal 1000 ft yang berumur Miosen Tengah. Endapan yang terakhir terbentuk adalah tuf dan batulempung, yang terendapkan secara tidak selaras diatas lapisan yang telah termiringkan secara kuat. Sumur ini terletak di atas aglomerat vulkanik yang tidak dapat ditentukan umurnya. Penampang Borelis-1 tersusun atas batulempung laut dalam yang berumur Pliosen dan Miosen. Sumur ini terletak di atas batuan basalt yang belum ditentukan umurnya. Penampang Miosen sangat dipengaruhi oleh pensesaran yang bersifat lokal.
Berdasarkan hasil pengeboran, diketahui bahwa kedua sumur ini tidak mengandung migas (dry). Litologi yang berperan sebagai reservoir adalah batugamping laut dangkal berumur Miosen dan horizon tuf berumur Oligosen. Batuan induk (source rock) gas hanya ada di darat, tidak ditemukan di dua sumur lepas pantai yang dry. Sedikitnya deformasi struktural, selain sesar normal yang berkaitan dengan kompaksi diferensial dan subsidence, mengurangi kemungkinan pemerangkapan hidrokarbon di daerah ini yang berupa carbonate build up dan perangkap onlap/sesar. Build-up yang lebih besar ditemukan di area bagian timur laut dalam, sedangkan yang berukuran kecil banyak ditemukan disepanjang sayap selatan deposenter cekungan bagian barat, yang terletak di lingkungan kedalaman air konvensional. Perangkap onlap yang cukup besar juga hadir didaerah tersebut. Bolliger dan Ruiter (1975) menyatakan bahwa kehadiran batuan induk yang matang merupakan resiko utama dalam prospektivitas suatu area. Mereka mempertimbangkan area bagian barat mungkin lebih baik karena area tersebut merupakan kelanjutan dari lepas pantai Banyumas dimana banyak rembesan minyak dan gas ditemukan, atau di area bagian tengah dimana sedimen tebal berumur Neogen menjadi sedimen penutup yang baik selama batuan induk Paleogen terbentuk. Gambar berikut menunjukkan evolusi paleogeografi Yogyakarta dan daerah sekitarnya dari Miosen hingga Pliosen serta perkembangan batugamping Wonosari.
